Filipina fue bautizada el 8 de septiembre de 1769. Era la segunda de 8 hermanos. Su hermana mayor murió a los 11 años, cuando Filipina tenía 9. A los tres años tuvo viruela. Siempre vivió en una casa que compartían con sus primos, los Periers. Las familias Duchesne-Perier tenían en total 20 niños. 4 tías, 1 prima y después 1 hermana, entraron a la Orden de la Visitación, fundada por Santa Juana Francisca de Chantal. En 1788, a los 19 años, Filipina entró también en ese monasterio.
En 1792, el monasterio fue cerrado a causa de la Revolución francesa. 1793-1804: 11 años de incertidumbre en la vida de Filipina, fuera del monasterio (desde los 24 a los 35 años de edad).
En esa época, Filipina hace una promesa y una petición a San Juan Francisco Regis sj (1597-1640), para que le ayuda a recuperar y volver al monasterio.
Filipina entonces trabajó con los niños de la calle, los huérfanos y sin escuela que dejaba la Revolución. Ellos son quienes le ayudan luego a volver al monasterio Santa María el 14 de diciembre de 1801.
Pero el sueño hecho realidad no prosperó tan rápidamente. Las monjas que se habían dispersado hace 10 años no podían o no estaban dispuestas a volver. Filipina era impetuosa, impaciente y generosa, tenía muy claro lo que quería y el tipo de vida religiosa que quería vivir. Estaba llena de energía y entusiasmo, era idealista y creativa. Tenía una profunda fe en la voluntad de Dios, aunque no sabía cuál era para ella.
Después de seis meses de espera, Filipina se encuentra con Sofía Barat el 13 de diciembre de 1804.
Sofía, diez años más joven, llama a Filipina “querida hija”. Entre ellas crece una amistad muy fecunda, marcada por la fidelidad, el respeto y la mutua admiración en su compromiso con el Evangelio. A los dos años de este encuentro, Filipina comienza a hablarle a Sofía de su vocación misionera y, ante Jesús, hace el sacrificio de desprenderse de su convento de Santa María (10 de enero de 1806). Le encanta rezar por la noche, hacer vigilias, a pesar de que Sofía se lo prohíbe.